Några av Stefans böcker:

• 1978 – Ungdomar och kärleksproblem
• 1983 – Varför Sverige fick fri abort – ett studium av en policyprocess (avhandling)
• 1985 – Kristendomen mot väggen (även som talbok 2008)
• 1989 – De första grunderna
• 1999 – Hur kan jag tro på en Gud som jag inte kan se? (rev utg)
• 2011 – Efter detta : om Guds kärlek och rättvisa, himmel och helvete
• 2015 – Inte utan korset
• 2016 – Jesus var också flykting, med Micael Grenholm